Пока жители Зиона сражаются за выживание в неравной битве против машин, Нео продолжает путь к истине, способной изменить ход войны. В отчаянной попытке спасти человечество он проникает в самое сердце врага, где ему предстоит сделать выбор, от которого зависит судьба обоих миров. Каждая секунда промедления — шанс на поражение. В этот момент решаются не только исход войны и жизнь Зиона, но и